在Safari浏览器中，手势导航与系统底层交互冲突的兼容法主要有以下几种：
1. 使用CSS样式覆盖：通过修改Safari浏览器的默认样式，使其与手势导航的样式不冲突。例如，可以通过设置`-webkit-touch-callout: none;`来禁止触摸调用。
2. 使用JavaScript监听手势事件：通过监听Safari浏览器的手势事件，并在事件处理函数中进行相应的操作。例如，可以使用`addEventListener`方法监听`touchstart`、`touchmove`和`touchend`事件，并在事件处理函数中执行相应的操作。
3. 使用第三方库：有一些第三方库可以提供手势导航的支持，例如`swipejs`、`react-native-swipe-listview`等。这些库通常提供了丰富的手势支持，并且与Safari浏览器的兼容性较好。
4. 自定义手势导航：通过编写自定义的手势导航代码，实现手势导航的功能。这种方法需要对Safari浏览器的手势API有深入的了解，并且需要自己处理手势事件的回调函数。
5. 使用Web Workers：Web Workers是一种特殊的线程，可以在后台运行JavaScript代码，而不会影响到主线程的UI渲染。通过创建Web Workers，可以在后台处理手势事件，而不影响Safari浏览器的UI渲染。
6. 使用Web Storage API：Web Storage API允许在客户端存储数据，并可以在后台访问这些数据。通过使用Web Storage API，可以在后台处理手势事件，而不会影响到Safari浏览器的UI渲染。
总之，解决Safari浏览器手势导航与系统底层交互冲突的方法有很多，可以根据具体情况选择合适的方法进行兼容。